らっきょうの独特の香りの正体は、たまねぎにも含まれている硫化アリルです。硫化アリルはビタミンB1の吸収を助けてくれる働きがあるので、ビタミンB1を多く含む豚肉などと一緒に食べると、疲労回復に役立つといわれています。硫化アリルは水溶性のため、生のままで食べられるらっきょうの甘酢漬けは栄養を逃さず食べられる点でとても理にかなった食べ方といえます。
らっきょうは食物繊維も非常に豊富です。らっきょう（りん茎、生）3粒・15グラムの食物繊維の含有量は3.15グラムで、糸引き納豆（1パック：40グラム）の食物繊維の含有量2.68グラムよりも多く取ることができます。